Под фрагментацией понимается состояние диска, при котором файлы сохраняются не в последовательно идущих друг за другом блоках, а в произвольном порядке, по всему разделу Такое состояние может возникнуть, если попеременно удалять, сохранять, удлинять и укорачивать файлы. Фрагментация может значительно замедлить операции доступа к данным. Драйверы ext2/3/4 пытаются, насколько это возможно, избежать фрагментации. Это, однако, удается сделать лишь в том случае, когда файловая система заполнена не более чем на 90% Пока не существует инструментов, которые позволили бы дефрагментировать файловые системы ext. В настоящее время подобный инструмент для файловой системы ext4 находится в разработке. Эта программа — если она все же будет готова — позволит проводить дефрагментацию диска на ходу.