Данное сообщение не является ошибкой:
MySQL - ошибка Checking for corrupt, not cleanly closed and upgrade needing tables
Такой строкой скрипт запуска MySQL рассказывает. что он:
Проверяет наличие поврежденный таблиц Проверяет наличие не закрытых таблиц Проверяет наличие не обновленных таблиц, если вы обновили версию MySQL. принудительно проверить вcе таблицы для спокойствия mysqlcheck --check-upgrade --all-databases --auto-repair -u root -p mysql_upgrade --force -u root -p